HISTORIA

La localidad tuvo sus origenes por obra de don Pedro de Agreda en 1551 y a ella, llegó en 1542 el conquistador Hernán Pérez de Quezada, quien, con sus tropas diezmadas y casi vencido por las adversidades que había tenido que padecer en su alocada travesía en la búsqueda de El Dorado, por las tierras del Alto Llano y de la Alta Amazonía, para descansar y recuperarse antes de continuar su viaje a la ciudad de Pasto.
El 29 de septiembre de 1563, el capitan Gonzalo H de Avendaño, sobre la margen izquierda del río Mocoa, fundo oficialmente la ciudad con 10 vecinos encomenderos y 800 indígenas, dándole el nombre de San Miguel de Agreda de Mocoa. Por falta de comunicaciones, la ciudad no tuvo un gran movimiento y tendío a estancarse; en 1582, dependía en lo civil del gobernador de Popayán y en lo eclesiastico del Obispo de Quito.
En varias ocasiones, el pueblo fue atacado por los temibles indígenas Andaquíes, quienes lo incendiaron casi por completo en 1863 y, además sublevaron a los indígenas ya sometidos.
Estos acontecimientos determinaron que la la población fuera trasladada de su lugar de fundación (pueblo viejo), al sitio, entre los ríos Mocoa y Mulato, en donde se encuentra actualmente.
Para 1876, Mocoa era centro de comercio de Quina, Caucho, sal de Brasil y Zarzaparrilla; al caer el valor de la Quina y el Caucho, la mayoría de los pobladores blancos abandonaron el pueblo y después varios incendios destruyeron nuevamente la población, debiendo ser reconstruida.
En 1958 la localidad fue elevada a la categoría de municipio y al ser creada en 1968 la intendencia del Putumayo, pasó a ser la capital de la nueva división político administrativa, características que conservo al ser erigido el departamento del Putumayo en 1991.